Batı Trakya Türk azınlığı üyeleri arasında dayanışmayı sağlamak ve sorunlarla mücadelede ortak hareket etmek amacıyla bir çok dini, mesleki, kültürel nitelikte dernekler ve birlikler kurulmuştur. Ancak azınlığın bilinçlenmesinde büyük önem taşıyan bu sosyal örgütlenmeler Yunanistan tarafından tehdit olarak algılanmakta ve kapatılmaları yönünde kararlar alınaktadır. Bu kararlar doğrultusunda da her türlü yola başvurulur.
En eski azınlık kuruluşu olan, 1927 kuruluş tarihli İskeçe Türk Birliği, 1988 yılında tüzüğünün yasaya aykırı olduğu gerekçesiyle kapatılır. Asıl kapatma nedeni ise Birlik ünvanında yer alan "Türk" kelimesidir.Bu karar Yunan Yüksek yargısının onayından sonra Türk Azınlık tarafından AİHM’ye taşınmıştır.
1936 yılında kurulmuş olan Batı Trakya Türk Öğretmenler Birliği de uzun yıllar faaliyet gösterdikten sonra, 1972 yılında Dernekler Yasası'nda yapılan değişikliğin ardından, isminde yer alan "Türk" sözcüğünün çıkarılması için Valilik tarafından mahkemeye verilir. Uzun süren mahkeme süresinden sonra bu dernek de 1988 yılında kapatılır.
Her iki dernek de gayri resmi olarak varlığını sürdürmektedir. Yunan Hükümeti sözkonusu dernek yöneticileri hakkında "yasadışı örgüt üyeliği" iddiasıyla davalar açar. 1997 yılında görülen bir dava sonucunda yasal olmayan bu derneğe üye olmaktan suçlu bulunan dernek yöneticileri 3 yıl tecilli 8'er ay hapis cezasına mahkum edilirler.
Batı Trakya bölgesinde yaşayan Türklerin en önemli toplumsal sorunlarından biri de Yunan Hükümeti’nin buradaki azınlık gruplara yaptığı baskıyla, bu kişileri göçe zorlamasıdır.