Lozan Anlaşması ile, azınlıklar, kendi din işlerini Yunan Yönetimi'nden bağımsız olarak organize etme ve yönetme hakkı kazanmışlardır. Ancak 1985 yılından bu yana Yunan Hükümeti, Lozan'ın ilgili maddelerini ihlal ederek müftüleri doğrudan kendisi atamaktadır. Yunan Hükümeti, bu uygulamanın gerekçesi olarak müftülerin sadece dini değil, toplumsal fonksiyonları da olduğunu, bu yüzden müftülerin atamasının da Hükümet tarafından yapılması gerektiğini öne sürer.
Türk azınlık 1985 yılına dek, 1913 Atina Anlaşması ve 1920 tarihli 2345 sayılı kanun gereği kendi müftülerini hür iradeleriyle seçebilmekteydiler. 2345/1920 sayılı kanunla müftülerin nasıl seçilecekleri, görev alanları ve sorumlulukları belirlenir. Buna göre müftüler; Din İşleri Bakanlığı ve Bölge Valisi tarafından onaylanan bir adaylar listesinden, Müslüman azınlık tarafından seçilir. Müftüler, görev bölgelerinde şeriat hükümlerini uygulamak, öğretim ve din görevlilerini denetlemek, Cemaat İdare Heyetleri’nin evkaf gelirlerini kontrol etmek gibi geniş yönetsel-yargısal yetkilerle donatılırlar. Müftüler ayrıca, Müslümanlar arasında şahısların hukuku ve aile hukuku konusunda çıkan sorunları çözmekle yükümlüdürler ve ayrıca evlenme, boşanma, nafaka, vesayet, velayet, miras gibi konularda karar verme yetkileri vardır. Bununla beraber müftülere, kararlarının ilgili Yunan makamları tarafından tanınması ve yürürlüğe konabilmesi, Yunanistan'daki diğer din görevlileri gibi askerlikten muaf tutulmaları, Camilere ait vakıfları yöneten komisyona da başkanlık yapabilmeleri öngörülmüştür.
Aynı yasa ile, müftüleri denetleyecek bir Başmüftü gündeme gelir. Karma usulle seçilen Başmüftü, Yunanistan'da yaşayan Müslümanların mezhep bakımından en büyük makamı sayılacaktır. Yunanistan'daki bütün müftüler biraraya gelip, çoğunluk kararıyla seçtikleri 3 adayı Dinişleri Bakanlığı'na sunacaklardır. Bakan tarafından seçilen kişi, Kral iradesi ile atanacaktır. Fakat bu yasanın 12.Madde dışında hiçbir hükmü yürürlüğe girmez ve sözü edilen başmüftü hiçbir zaman atanmaz. Müftülerin seçimle gelme hükmü de yürürlüğe konmadığı için 1920'den sonra müftüler özel birer Kral İradesi ile atanmışlardır.
1984 yılında Gümülcine Müftüsü Hüseyin Mustafa Efendi'nin ölümü ile Yunan hükümeti bu pozisyona Rüştü Ethem'i atar. Müslüman azınlığa danışma gereksinimi duymadan yapılan bu uygulama üzerine azınlık Ağustos 1990'da yeni ve resmi olmayan bir seçim yapar ve Mehmet Emin AGA'yı İskeçe, İbrahim Şerif'i de Gümülcine Müftüsü olarak seçerler. Yunan Hükümeti buna karşılık 2345 sayılı kanunu kaldırıp, yerine 1920 sayılı kanunu getirir. Bu yeni kanun, müftülerin cemaat tarafından seçilmesini engellemekte ve müftü tayinini tümüyle Yunan idaresine bırakmaktadır.
2345/1920 sayılı kanunun 1.5. maddesine göre, devlet tarafından atanan bir genel sekreter başkanlığında, vali, Müslüman dini memurlar ve yörenin ileri gelen azınlık mensuplarının da katılacağı bir komisyon müftüyü seçecektir. Sözkonusu komisyon, bir aday listesi hazırlayacak, bu liste devlet tarafından atanmış bir memur olan Trakya Genel Sekreteri tarafından Eğitim ve Din İşleri Bakanlığı'na gönderilecektir. Bakanlık, Cumhurbaşkanlık onayı ile nihai kararı verecektir. Türk azınlıktan gelebilecek herhangi bir tepkilere önlem olarak da, sözkonusu komisyonun, sadece başkanın varlığı ile dahi karar alabileceği, diğer üyelerin toplantıda bulunmasının şart olmadığı öngörülmüştür.
Yeni kanunun önceki kanundan bir diğer önemli farkı da 5. madde ile, müftülerin elinden vakıfların mal varlığını yönetme yetkisini geri almış olmasıdır. Bunlara ek olarak, 2345 sayılı kanunla diğer Müslüman cemaatlerle ve Türklerle yapılacak yazışmaların Türkçe olması izni, 7. madde ile değiştirilir. 7. madde ile resmi yazışmalar da Yunanca yapılacaktır.
Şu anda Batı Trakya'da; Yunan Hükümeti tarafından atanmış olan Gümülcine Müftüsü Cemali Meço ile İskeçe Müftüsü Mehmet Emin Sinikoğlu ve Türk azınlık tarafından seçilmiş olan İskeçe Müftüsü Mehmet Emin Aga ile Gümülcine Müftüsü İbrahim Şerif görevlerini sürdürmektedirler. Ancak Yunan Hükümeti, Türk azınlığın seçtiği müftüleri "müftü" ünvanını kanunsuz bir şekilde kullanmaktan ve otoriteye karşı çıkmaktan çeşitli defalar yargılamış ve hapis cezası vermiştir. 14 Aralık 1999'da Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi, İbrahim Şerif davasında, "Şerif'e karşı yürütülen idari işlemler Avrupa İnsan hakları Sözleşmesi'nin düşünce, din ve kanaat özgürlüğüne dair 9. maddesinin ihlali" olduğu gerekçesiyle Yunanistan'ı mahkum etmiştir.En son 2006 yılında AİHM’de Mehmet Emin Aga davasında Yunanistan bir kez daha haksız bulunarak mahkum edilmiştir.