Lozan Anlaşması'nın 40. maddesi olan "Yunanistan'daki Müslüman azınlığın, masrafları kendisine ait olmak üzere, her türlü hayır kurumlarıyla dinsel ve toplumsal kurumları, okulları kurmak, yönetmek ve denetlemek" hakkını tanıyan madde de, diğer bir çok madde gibi Yunanistan tarafından ihlal edilmiştir.
Yunanistan, 2345/1920 sayılı yasa ile vakıfların hukuksal yapılarına ilişkin bazı düzenlemeler getirir. Bu çerçevede eğitim amaçlı vakıfların Cemaat İdare Heyetleri, dini amaçlı vakıfların ise Mütevelli Heyetleri tarafından yönetilmesi kararlaştırılır. Ancak, 1945 yılında yapılan düzenlemeyle tüm vakıfların yönetimi Cemaat İdare Heyetlerine bırakılır. 1967 yılında Cunta yönetimi, seçimle işbaşına gelen yönetim kurullarını azlederek, yerine kendi amacına hizmet eden şahısları getirir.
1091/1980 sayılı yasa ile vakıflar konusu yeniden düzenlenerek, Türk azınlığın vakıflardaki etkinlikleri en aza indirgenir. Lozan Anlaşması'na tamamen aykırı olan bu yasa, cemaatlerin kısmen korunan hükmi ve manevi kişilikleri ile işlevlerini resmen ortadan kaldırarak, vakıfların kontrolünü bağlı bulundukları illerin valiliklerine vermiştir. Bu kanundaki madde 20.1., sözkonusu kanun yürürlüğe girene kadar vakıf mütevelli heyetinin vakıf mallarının dökümünü yaparak, bunu vergi dairesine bildirmesi zorunluluğunu getirmiştir. Bunun aksi durumlarda, devlet bu mallara el koyabilecektir. Oysa azınlığa ait malların çoğu Osmanlı zamanından kalmadır ve bu mallara ait resmi dokümanların çoğu süren savaşlar ve yer değiştirmeler sonucu kaybolmuştur. Tüm bunlar gözönüne alındığında, bu maddenin ardındaki gerçek neden de anlaşılabilri. Yunan Hükümeti, mümkün olduğunca vakıf malına el koymak niyetindedir. Ancak, sözkonusu yasa azınlığın ve Lozan Anlaşması'nın tarafı olan Türkiye Cumhuriyeti'nin tepkileri sonucu uygulamaya geçirilememiştir.
3 Ocak 1991'de yayınlanan yeni bir kararname ile 1091 sayılı kanun yumuşatılır. Bununla birlikte içerdiği bazı hükümler ile devletin bu kurumlar üzerindeki müdahalesini tam olarak ortadan kaldırmamıştır. Örneğin, valinin, vakıf yönetim kurullarının seçimine müdahale hakkı vardır. Vakıfların yönetimi, 1996 yılında yeni bir hükümet kararnamesi ile, üç yıllığına seçilen bir komiteye verilir. Bu komitenin görev süresi Nisan 1999'da sona ermiş olmasına rağmen yeni bir düzenleme yapılmadığından faaliyetlerini sürdürmektedir.
Yunanistan Hükümeti tarafından zaman zaman Türk azınlığın vakıflarına ait, gerçekte vergiden muaf olan menkul ve gayrimenkullere vergi tahakkuk ettirilip, sonra da ödenmediği gerekçesiyle ipotek konulmaktadır.
Yunan Yönetimi ve Türk azınlık arasındaki en önemli çatışma konularından birisi de dini işlerden sorumlu resmi görevlilerin seçimidir. Bu konu her dönemde gündeme gelmiş ve ilişkileri kötü yönde etkilemiştir.